Eu tive problemas semelhantes com o Synaptic e o gufw em um sistema Ubuntu 14.04 no qual eu uso o desktop LXDE (incluindo seu sistema de menu). Parece ter algo a ver com a mudança para pkexec
vs. gksudo
- aplicativos que exigem acesso à raiz que foi lançado há um ano no menu, não faça mais.
No meu caso eu poderia lançar o gufw a partir da linha de comando. Se você não puder, pode haver outro problema.
Uma solução para mim foi editar a entrada do menu LXDE - anteriormente Exec=gufw
e substituí-la por Exec=gksudo gufw
. Isso faz com que a entrada do menu inicie o aplicativo e solicite sua senha de root, como esperado.
Eu não conheço o sistema de menus do xfce, mas talvez você possa fazer uma solução semelhante.