A instalação de aplicativos nunca deve causar danos ao seu sistema quando as dependências puderem ser resolvidas. Se não foi esse o caso, devemos considerar isso como um erro da respectiva aplicação.
Isso pode não ser tão claro se quisermos jogar com versões de pré-lançamento instáveis, ou se precisarmos remover um aplicativo e sua dependência novamente, pois podemos não conseguir prever efeitos colaterais indesejados. Além disso, caso não estejamos muito organizados, podemos esquecer uma aplicação que instalamos mas nunca utilizamos. Isso geralmente não é um problema, pois os aplicativos só precisam de pouco espaço em nosso sistema.
Mais sérios são os problemas de alterar valores de arquivos de configuração de todo o sistema, pois eles podem não ser redefinidos tão facilmente.
Para evitar que meu sistema produtivo principal fique cheio de muitos aplicativos que realmente não preciso, ou que acabe com um sistema instável na instalação de versões alfa ou beta de aplicativos, faço todos esses testes em uma máquina virtual:
Com isso, podemos facilmente reverter para um instantâneo anterior ou para nossa instalação de backup simples. Podemos isolar um único novo aplicativo instalado em uma instalação baunilha e também podemos testar vários lançamentos ou versões do Ubuntu a partir de uma máquina virtual.
A única desvantagem de uma VM é o desempenho um pouco mais lento, algum uso do disco rígido e bugs raros do software de virtualização que não podemos distinguir dos bugs reais de um aplicativo.