Sim. O Linux é um sistema multiusuário por padrão. Esse design remonta aos sistemas UNIX anteriores, que eram executados em mainframes e tinham que suportar solicitações de vários usuários. Esses usuários geralmente acessavam o sistema de um hardware especializado conhecido como terminais "burros", que eram pouco mais que um monitor, um teclado e uma conexão de rede (coaxial).
Um processo em execução é de propriedade de um usuário, e esse usuário não precisa estar logado enquanto estiver em execução. Diversas aplicações que rodam no Linux terão e rodarão sob seus próprios usuários. E esses usuários provavelmente nunca "farão logon" no sistema.
Este é um conceito importante para entender. Simplesmente executando um "switch user", tudo o que você está fazendo é trazer outro usuário para o sistema. Seu usuário original (e todos os seus processos) permanecerão ativos no sistema.
% bl0ck_qu0te%Provavelmente, a melhor opção que você tem aqui é sair do primeiro usuário e depois fazer o login como outro. Isso deve acabar com a maior parte da pegada de recursos do primeiro usuário. A menos, claro, que o usuário esteja executando um processo em segundo plano, que ficará "ativo" apesar de um logout.