O pacote gnome-session sendo 3.9.90 ainda é GNOME 3.10 . É simplesmente um ou dois lançamentos antes do lançamento final do 3.10 upstream, o que quase certamente não teve mudanças a partir da versão 3.9.90. O GNOME é composto de muitos pacotes de código fonte, e suas versões podem nem sempre ser exatamente as mesmas, mesmo para uma versão específica do próprio GNOME, da mesma forma que todos os pacotes no Ubuntu 14.04 não são versionados como 14.04.
Então, sim, é normal, e sim, o Ubuntu 14.04 inclui o GNOME 3.10.