Eu posso reproduzir esse problema (tentando usar o avconv para converter 20 segundos de fluxo de rádio da internet em um arquivo wav). Então aqui está uma correção que funcionou para mim: basta permutar as opções -t e -i!
No seu caso, sugiro tentar
ffmpeg -i GOPR0001.MP4 -t 10 cut.MP4
Também estou sugerindo que alguém envie um relatório de bug.
EDIT: na verdade não é um bug - é um recurso!
Aparentemente, o bug estava no ffmpeg ;-) A lógica aparentemente é que é uma opção de saída, então deve ir após as opções de entrada. Vá a figura.