Você pode usar uma ferramenta chamada Ubuntu-tweak, para instalar você precisará adicionar o ppa oficial:
sudo add-apt-repository ppa:tualatrix/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install ubuntu-tweak
Na guia de ajustes, na seção Desktop, há um botão Unity, isso abre um módulo que tem a opção "Opacity do Iniciador".