Por fim ... O problema foi causado pelo OPcache, acabei de deletar a configuração ini e agora está funcionando:)
Eu tenho que reiniciar o apache toda vez que eu atualizar um arquivo php. Não é um problema de cache do navegador do cliente, eu tentei vários navegadores. O estranho é que eu só preciso fazer isso com arquivos php, atualizações de arquivos html bem ..
Por fim ... O problema foi causado pelo OPcache, acabei de deletar a configuração ini e agora está funcionando:)