De acordo com a seguinte linha da sua mensagem, você tem o pacote jayatana
instalado:
Picked up JAVA_TOOL_OPTIONS: -javaagent:/usr/share/java/jayatanaag.jar
Este pacote é responsável pelo suporte do menu de aplicativos para aplicativos Java Swing e parece ser a causa do segfault. A remoção funcionou para mim:
sudo apt-get remove jayatana
Não se esqueça de reiniciar sua sessão depois que o pacote instalar a variável de ambiente JAVA_TOOL_OPTIONS
. Ou tente de uma janela de terminal:
JAVA_TOOL_OPTIONS= /path/to/your/matlab