Você pode restaurar a configuração do bootmgr. Use um disco de instalação do Windows e escolha Reparar meu computador na tela de instalação. Acesse o prompt de comando e use-o para restaurar a inicialização:
bootrec /fixmbr
bootrec /fixboot
bootrec /rebuildbcd
Isto irá analisar o seu computador e reconfigurar o sistema de inicialização.