Eu clonei muitas máquinas no meu trabalho e obtive grande sucesso simplesmente usando tar da linha de comando.
Monte a partição do disco rígido de origem em (digamos) / mnt.
tar cvfpz /home/me/documents/mybackup.tar.gz / mnt
Eu recrio as partições no novo disco rígido. Descompacte meu tarball para a nova partição e instale novamente o grub.
Monte um novo disco rígido em / mnt
cd /
tar xvfpz / meu back up.tar.gz
Em suma, é relativamente rápido e indolor.