A resposta curta IMHO é sim. Mas a criptografia ocorre na hora quando o novo usuário faz login e cria arquivos.
Se eu tivesse que selecionar a opção para criptografar minha pasta pessoal ao instalar o Ubuntu, o Ubuntu automaticamente criptografaria a pasta base do usuário que eu criei depois de instalar o Ubuntu?
A resposta curta IMHO é sim. Mas a criptografia ocorre na hora quando o novo usuário faz login e cria arquivos.