Use shift com as teclas normais no terminal, ou seja, shift-ctrl-v, etc.
Eu acho que mudou porque o Ctrl-C é significativo para o terminal como uma interrupção, então o shift foi adicionado para todos eles.
Editar:
Acabei de perceber que quando você disse "desativado", você pode não ter querido dizer que simplesmente não funciona. Se você clicar com o botão direito do mouse e "colar" estiver realmente desabilitado (isto é, "acinzentado"), isso provavelmente significaria que os dados da área de transferência não são algo que o terminal possa manipular.