Isso aconteceu comigo há alguns dias. Eu esperei até que ele disse que tinha erro interno, e eu reiniciei duro (mantendo pressionado o botão de energia).
No boot do Ubuntu, você tem sua tela de seleção do sistema operacional. É uma tela roxa mostrando suas opções possíveis para o boot. Use as setas e vá para Advanced Options for Ubuntu.
Em seguida, selecione: Ubuntu, com o Linux 4.4.0-31-genérico (modo de recuperação)
Ele executará muito código até chegar a uma tela de link.
Faça a opção fsck, e ela deve limpar e consertar seu SO, e fazer a opção dpkg. Ele consertará os pacotes. E então reinicie. Isso fixou o meu.
E então, se você quiser, pode limpar para liberar algum espaço
Espero que isso ajude, Dallin