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Você adicionou o cronjob como usuário root? Para verificar se você o adicionou como tipo de usuário root (no terminal):
crontab -u root -l
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Se você o adicionou corretamente e ainda assim o sistema não é desligado, tente manualmente no terminal primeiro (como usuário root):
shutdown -h now
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Se o passo 2 falhar ao desligar com o comando não encontrado, digite isto no terminal:
export PATH=$PATH:/sbin
(ou) use um editor como o nano para abrir o .bashrc e adicione o
export PATH=$PATH:/sbin
manualmente da seguinte forma:sudo nano /root/.bashrc
. (Se você não instalou o nano, instale-o usandosudo apt-get install nano
)
Agora, tente o comando shutdown como usuário root e ele deve funcionar. Quando isso funcionar, o cronjob também funcionará.