Em palavras simples e fáceis:
quando você roda o samba no terminal, então você está chamando a janela de serviço de arquivo e, se não estiver instalando antes, não encontrará.
Os pacotes que você encontra no synaptic são parte dessas coleções que estão relacionadas ao serviço de compartilhamento de arquivos que é fundado por padrão em seu sistema.
Para ter certeza, tente procurar por samba4 no synaptic que é a versão mais recente do samba e você descobrirá que ele não está instalado.
Note também que quando você chama samba no terminal, você está executando um comando relacionado ao samba4. Os outros pacotes instalados possuem comandos diferentes.