Veja aqui para uma explicação sobre o diferenças entre shutdown e poweroff .
Como você pode ver, na sua situação, poweroff está basicamente invocando shutdown . Ambos são seguros (se você salvou dados importantes e outros), o SIGTERM (que manda os processos saírem normalmente) é enviado alguns segundos antes do SIGKILL para que não haja nenhuma corrupção.
Pressionar o botão "Desligar" provavelmente só chama um desses utilitários. Você provavelmente deve descobrir por que isso não está funcionando.