Obrigado, mas outro amigo encontrou um melhor resposta , quero compartilhar com o mundo para alguém com o mesmo problema:
Existem algumas ferramentas, como xmove e Xpra que funciona como um proxy X, permitindo que você mantenha a janela aberta em um tipo de X Server virtual, e capture a janela para o seu ambiente quando precisar, exatamente o que eu preciso!
Obrigado, caras.