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Estou falando sério.
A única razão pela qual eu pude encontrar para fazer isso em uma capacidade de hospedagem é que isso facilita backups parciais. O host pode apenas tirar instantâneos ao vivo dos bits que mudam ( /var/
, /home/
) e fazer backups mais lentos de /etc/
e praticamente todo o restante pode ser restaurado no momento da instalação.
Não é de modo algum uma prática padrão e você pode fazer a mesma coisa de maneira inteligente se souber onde está a rotatividade de dados ... Mas para um grande host isso pode significar terabytes de economia. Com um host virtual, você não está salvando nada. Você está apenas se dando dor de cabeça.
Deixe o instalador fazer o que quiser, a menos que você tenha um bom motivo.