A opção relevante não está mais disponível no menu de configurações no Ubuntu 13.10; isso foi relatado como um bug ( link ). No entanto, ainda é possível trocar essas chaves usando a ferramenta de ajuste do Gnome.
Primeiro, instale a ferramenta gnome-tweak usando sudo apt-get install gnome-tweak-tool
de um console.
Em seguida, execute-o usando o comando gnome-tweak-tool
ou digitando "Tweak Tool" no painel no canto superior esquerdo.
A partir dessa ferramenta, escolha a guia "Digitação" à esquerda. Então, no menu suspenso ao lado de "Ctrl key position" à direita, escolha "Swap Ctrl e Caps Lock". Isso deve trocar essas duas chaves.