Por fim, encontrei uma resposta em favoritos do Nautilus que estão faltando desde a atualização para a versão 13.04 answer, section Manual approach and removing entradas padrão . Funciona também para o Ubuntu 13.10.
Para resumir:
Os marcadores do Nautilus são armazenados em um arquivo editável em ~ / .config / gtk-3.0 / bookmarks, onde podemos adicionar manualmente (ou programaticamente) e remover entradas de caminho que entrem em vigor imediatamente. Os marcadores para locais padrão na pasta Home (como a pasta Imagens, a pasta Downloads, ...) também são incluídos e podem ser removidos e não serão recriados automaticamente no login.