Sim, vai. O pacote aparecerá na seção "instalado localmente" no synaptic. Quando uma atualização de versão mais recente aparecer nos repositórios desse pacote, ela será automaticamente atualizada e, portanto, será movida para a seção "instalada".
Se por algum motivo você quiser manter o pacote instalado e não atualizar (não recomendado), você pode "fixá-lo" através dos menus sinápticos. Isso significa que você está dizendo ao sistema para manter essa versão ignorando novas atualizações. Essa opção está no item de menu "pacotes", desculpe, não posso fazer upload de uma captura de tela agora, mas é fácil encontrá-la.
Caso você não tenha o synaptic instalado:
sudo apt-get install synaptic
E procure por ele no painel.