Não acho que esteja relacionado ao Windows 7. O Windows não tem controle sobre o processo de inicialização.
O Wubi serve para instalar o Ubuntu dentro da partição do Windows e, como você disse, não é isso que você está procurando.
De que maneira você criou esse pendrive com o Ubuntu? Parece que pode não ser inicializável.
O manual da sua placa-mãe diz para pressionar F8 quando o logotipo da Asus estiver aparecendo, para exibir um menu de dispositivos inicializáveis. Não segure o botão, mas pressione-o repetidamente.