Eu tive um problema semelhante ao tentar queimar o Linux Mint 17.1 Cinnamon em uma unidade USB que foi formatada em FAT32, iso gravada usando o UNetbootin no Ubuntu 14.04. Formatei o drive no ext4, gravei a iso novamente com os mesmos parâmetros e funcionou bem. Não precisei renomear ou mover arquivos dentro da unidade USB.
Eu li em alguns outros fóruns que uma formatação FAT16 deve fazer o trabalho também, mas eu não tentei.