seguindo as respostas de GabrielF nos comentários, aqui está o que pode resolver o problema
GabrielF sugeriu abrir uma janela do nautilus (janela de arquivos) com uma prioridade diferente.
O comando é nice -n 19 nautilus
Ele irá abrir uma janela do nautilus. Faça a operação de cópia a partir daí. Não deve resolver o problema. Espero que sim