Tocar em 'modificado' em um arquivo de outro arquivo de referência não pode ser feito com o rsync.
No entanto, podemos usar o comando touch
para fazer isso.
touch -m -r source/path/file dest/path/file
Acima, tocará na data "modificada" da origem até o caminho do arquivo de destino.
Isso pode ainda ser roteirizado, por ex. abaixo para todos os arquivos em um determinado diretório de destino, desde que os nomes dos arquivos sejam idênticos:
for i in *; do touch $i -m -r /path/to/source/$i; done