A WUBI é executada dentro do Windows. Ele cria uma partição virtual em um arquivo grande dentro da partição do Windows (como C :).
O bootloader do GRUB é enganado para olhar dentro da partição do Windows para a partição do Ubuntu que é realmente um arquivo.
Então, o wubi irá usar o windows8, então quando você estiver tentando acessar o Ubuntu, então, no back-end, você está usando ou confiando na partição do Windows.
Agora, se você quiser apenas usar o Ubuntu sem depender de janelas, é necessário formatar seu disco rígido.