Quando você pretende usar links simbólicos para um script, o caminho certo para obter o caminho real desse script é:
# Absolute path to this script
scriptpath=$(readlink -e "$0")
# Absolute path this script is in
scriptdir=$(dirname "$scriptpath")
java -mx3g -cp "$scriptdir/*" MyApp.jar
Mais sobre: Maneira confiável para um script bash obter o caminho completo para si mesmo?