Não tenho certeza se isso ajuda você, mas se você usar o XFCE em vez do Unity, o problema desaparece.
Quando você desabilita o composto, o sistema deseja reverter para o Unity 2D, mas isso não é suportado no Ubuntu desde o 12.10. Fonte aqui .
Eu uso o XFCE e lá posso desativar o composto sem problemas.