Eu tive problemas semelhantes usando o Ubuntu, mas eu os resolvi usando o comando sleep
. Desta forma, qualquer outro processo não irá desfazer o meu Xmodmap.
Meu comando de inicialização: sh -c 'sleep 2 && /usr/bin/xmodmap /home/username/.Xmodmap'
E this (Como adicionar aplicativos de inicialização no lubuntu?) pode ajudar.