O MountManager é descrito como "O programa para montagem de dispositivos de armazenamento, cartões de memória flash, discos removíveis no Linux". Mesmo que não resolva completamente o seu problema, o MountManager facilitará a montagem e a desmontagem manual do cartão SD. O MountManager não está mais disponível nos repositórios padrão do Ubuntu para versões do Ubuntu mais recentes que o Ubuntu 12.10 e, em vez disso, você pode usar o aplicativo Disks que é instalado por padrão no Ubuntu.
Você pode dar uma olhada em uma captura de tela do mountmanager pesquisando no Gerenciador de Pacotes Synaptic e clicando em "Obter Captura de Tela" e, claro, também pode instalá-lo no Synaptic.