não tenho certeza mas tente instalar o boot Repair e escolha a opção avançada
Eu tenho o Ubuntu 12.04 LTS 64bit instalado em um disco rígido e o Windows 7 instalado em outro disco rígido. Eu posso arrancar em cada encontrar quando apenas um disco rígido está conectado. Com ambos conectados e no Ubuntu, executando o update-grub não encontra a instalação do Windows 7. Com os dois discos rígidos conectados, não consigo inicializar o Windows. A placa-mãe é uma MSI 990XA-GD55.
Eu instalei o Ubuntu primeiro. Unplugged a unidade Ubuntu para instalar o Windows para evitar sobrescrever o MBR (supondo que o Windows ainda faz isso nos dias de hoje).
Editar:
Acho que o Windows só inicializa quando a opção de inicialização EFI é selecionada no BIOS, enquanto normalmente o disco rígido é especificado. Eu consegui de alguma forma instalar um como EFI e um como MBR? Se sim, o que isso realmente significa, é por isso que o grub não pode ver a instalação do Windows? Eu idealmente teria o Windows como uma opção no menu do grub. Isso é possível?
não tenho certeza mas tente instalar o boot Repair e escolha a opção avançada