Eu suponho que você esteja usando a tecla Control correta. Isso é definido como a chave "host" no VirtualBox, o que significa que devolve o teclado à máquina host (com foco no VirtualBox).
Você pode mudar isso nas preferências do VirtualBox (Arquivo → Preferências → Entrada → Máquina Virtual → Combinação de Chaves do Host).