Você pode usar pip3
(que é apenas normal pip
, mas nos pacotes Python3 do sistema). Normalmente eu sugeriria evitar usar o pip para instalar coisas globalmente, mas dado que não há pacotes para isso que possam sobrescrever os arquivos, não há nada a perder.
É rápido e simples:
sudo apt-get install python3-pip
sudo pip3 install sympy