O problema que você está descrevendo parece que a área de trabalho do Unity 3D não está funcionando. Isso pode ser porque seu hardware não é poderoso o suficiente para isso ou outro problema com gráficos.
Eu tentaria uma instalação do Lubuntu 31.10: link
-ou -
Ubuntu 12.04.3 e use o Unity 2D, selecionando-o na tela de login, clicando no ícone no canto superior direito da caixa de login: link