EDIT: Depois de brincar muito, eu encontrei a solução!
Instale o Mir como sugerido no link !
=== Publicação original ===
Eu tenho o mesmo problema desde hoje, embora eu não tenha absolutamente nenhuma idéia do que poderia ter quebrado meu sistema assim.
Alterar as Preferências de perfil parece não mudar nada, a janela ainda não está visível. Além disso, parece que não é apenas um problema no gnome-terminal ... ao iniciar o byobu, a janela também ficará transparente.
Eu também notei que ao fazer login no Unity em vez do Gnome no meu sistema, as notificações (por exemplo, conexão WiFi) são totalmente pretas, assim como terminais gerados via Ctrl + Alt + T. O iniciador de aplicativos e a barra indicadora também não são presente.