A sincronização de arquivos do Ubuntu One é apenas um serviço de sincronização de arquivos. Então isso não será suportado. A pasta ~/Ubuntu One/
será sempre sincronizada. Você pode, no entanto, obter esse uso, criando outra pasta sincronizada no servidor com a API REST, carregando arquivos diretamente no servidor com a API REST e simplesmente nunca escolhendo sincronizar essa pasta no lado do cliente (ou possivelmente, nem mesmo usar o cliente em uma máquina onde você quer esse comportamento).
Eu não sei de nenhum script ou programa existente para simplesmente fazer isso, mas você certamente está livre para escrever um. Esse script pode ser integrado ao recurso Send to…
no Nautilus. O plug-in duplicity
para Deja Dup faz isso para fazer o upload de arquivos de backup para o Ubuntu One, como exemplo.