Eu recomendo que você determine qual recurso do sistema está limitando o desempenho durante a desaceleração. Por isso, quero dizer é o seu CPU em 100% ou talvez o seu disco rígido está funcionando como um louco. Existem ferramentas de monitoramento do sistema que lhe darão essas informações em tempo real, como "gnome-system-monitor".
O monitor do sistema também pode informar qual processo está usando o recurso. Você também pode usar um programa de terminal como "top" ou um "htop" mais bonito para identificar o processo.