Eu resolvi o problema e agora entendi porque esse é um problema que apenas um número limitado de pessoas encontrou.
Então o problema é que eu estava usando o SCIM para entrada de teclado em versões anteriores do Ubuntu, que está desatualizado e tem conflito com muitos programas java no Ubuntu 12.04. Ao removê-lo e mudar para o método de entrada baseado em iBUS, tudo funciona muito bem.
Espero que isso ajude.