Você pode usar a ferramenta flac . Para instalá-lo a partir do terminal , você pode usar o seguinte comando:
sudo apt-get install flac
Após a instalação, você pode converter .wav
arquivos info .flac
arquivos como segue (o nível de compressão varia de 0 a 8 - 8 sendo o melhor):
flac -8 source.wav destination.flac
Agora você tem que colocar o comando acima em um pequeno script bash, então veja, por exemplo, esta resposta para sabe como adicioná-lo no menu de contexto do botão direito do mouse no Nautilus.