A melhor opção pode ser usar o Gerenciador de Configurações do Compizconfig:
sudo apt-get install compiz compizconfig-settings-manager compiz-fusion-plugins-extra compiz-fusion-plugins-main compiz-plugins
Você deve então poder abrir o Compiz através do painel procurando por "ccsm".
Uma vez aberto, vá para "animações" e você poderá encontrar as opções para desativar as coisas.