abrir um terminal
no prompt de comando, digite o comando du /home/$USER| sort -n
e em breve você encontrará onde todo o espaço está sendo usado perto da parte inferior da saída. Vídeos parecem um local provável ou talvez o diretório em que você armazena suas Máquinas Virtuais.
Isso leva apenas alguns segundos no meu sistema.
614919684 /home/me/VirtualBox VMs
1324521232 /home/me
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user 0m0.137s
sys 0m0.275s