Dê uma olhada em /etc/apt/apt.conf.d/20archive
.
Lá, há algumas linhas usadas pelo trabalho diário do cron:
APT::Archives::MaxAge "30";
APT::Archives::MinAge "2";
APT::Archives::MaxSize "500";
Esses são os padrões. Você deve obter o que deseja definindo os três para 0
.
Você pode ver os cabeçalhos de /etc/cron.daily/apt para mais informações.