Na verdade, o Windows limpa o Bootloader e não se importa com outro sistema operacional instalado.
Então você não tem opção agora, Se você instalar o Ubuntu agora, (Ubuntu sendo Ubuntu) ele vai cuidar do Windows e lhe dará a opção de escolher.
Leia aqui, ele fala sobre como corrigir isso.
A Windows OS should be installed first, because its bootloader is very particular and the installer tends to overwrite the entire hard drive, wiping out any data stored on it. If Windows isn't already installed, install it first. If you are able to partition the drive prior to installing Windows, leave space for Ubuntu during the initial partitioning process. Then you won't have to resize your NTFS partition to make room for Ubuntu later, saving a bit of time.