Ajuda do Ubuntu: Encrypted Home aponta para este artigo aqui: Migrando para um diretório pessoal criptografado , que foi escrito há cerca de um ano. Embora este artigo realmente pareça ser válido em como abordar isso.
Você não estará criptografando a partição /home inteira, mas sim cada pasta pessoal individual. Nas futuras configurações do usuário, você pode passar o sinal --encrypt-home no comando useradd. ( adduser --encrypt-home new-user-name )