Você tem um sinalizador de inicialização (com gpt que faz com que seja a partição ESP ou efi) na instalação principal do Windows. Com o BIOS que pode estar correto, mas com o gpt, você deve ter apenas o sinalizador de inicialização na partição -si2 do efi. Use gparted ou gdisk para alterá-lo de volta para uma partição de dados (remover sinalizador de inicialização). Esse pode ser todo o problema com o EFI inválido.
Não tenho certeza sobre as alterações que o rEFInd pode fazer. Mas, em muitos casos, é sugerido.
O os-prober do Grub2 ainda tem um bug e não cria entradas corretas de carregamento de corrente. Não use nenhum desses, pois eles não funcionarão. Mas o criado pelo Boot-Repair deve funcionar ou você pode tentar inicializar diretamente o Windows a partir do menu UEFI.