Um problema semelhante aconteceu comigo depois de instalar o 16.04.1 LTS e atualizar o software com o Software Updater. Quando tentei instalar o novo software do arquivo *.deb
, o Ubuntu Software abriu e saiu rapidamente. Eu encontrei a resposta aqui. Na verdade eu apenas tentei
sudo apt-get update
no terminal. Então o Ubuntu Software funcionou. Eu não sei porque.