Apache
sudo update-rc.d -f apache2 disable
O Apache ainda está usando o script de inicialização rc.d, e é por isso que você deve desativá-lo usando update-rc.d
.
MySQL
echo manual | sudo tee /etc/init/mysql.override
O MySQL, por outro lado, foi convertido em um arquivo de configuração iniciante. A maneira recomendada de desativar serviços iniciados é usar um arquivo de substituição.