Este é um problema antigo que data do Ubuntu 11.10 , pelo menos. Isso acontece regularmente, embora com menos frequência agora, mas você sempre terá que reparar os cabeçalhos manualmente. A maneira mais rápida de fazer isso é executando:
sudo apt-get remove virtualbox-dkms
sudo apt-get install virtualbox-dkms
Você também pode criar um alias para esses comandos, conforme mostrado aqui .