Eu tive esse mesmo problema. Você desativou o "Mostrar ícones da área de trabalho" para o nautilus com o ubuntu-tweak ou o unity-tweak-tool ou algum outro aplicativo de ajustes? Eu então, reativo. Em seguida, mate o nautilus e reinicie-o (ou simplesmente efetue logout e login).
Parece ser um problema com placas nvidia, por alguma razão, se o nautilus não estiver manipulando o desenho da área de trabalho, a imagem não será atualizada.