Não se preocupe com o impacto do MATLAB na segurança da sua instalação do Ubuntu, no que diz respeito a firewalls e WiFi público.
O MATLAB abrirá portas TCP para certas coisas (especialmente para verificar se a licença é válida), dependendo de como ele está configurado e como é usado. Normalmente, o MATLAB não atua como um servidor de rede, com o qual a maioria das configurações básicas de firewall se preocupa.
Executar o MATLAB sem um firewall provavelmente não será um risco de segurança, a menos que seu script do MATLAB esteja acessando dados confidenciais de um local remoto. Se você trabalha com dados confidenciais, e isso é sua preocupação ... não use o WiFi público. Um firewall não irá ajudá-lo neste caso.
Se você está preocupado com o comprometimento do seu computador como resultado do uso do MATLAB sem um firewall, então não precisa se preocupar.